Con el nombre de Bañados del Este se denomina el territorio de la Reserva de Biosfera aprobada por UNESCO para Uruguay, en junio de 1976. En su limitación original la Reserva tenía una superficie de 200.000 hectáreas, solo en el departamento de Rocha
En abril de 1997 PROBIDES abordó la elaboración del Plan Director de la Reserva para delimitar el área con precisión y proponer su zonificación. Para ello se conformó un equipo interdisciplinario con el apoyo de técnicos invitados. Se buscó, además, la participación de las instituciones públicas y privadas y de los sectores sociales involucrados en los distintos temas recogidos en el Plan Director. De esta manera, al recibir aportes y sugerencias durante el proceso de elaboración, el producto final reflejó las inquietudes y acuerdos del conjunto de actores directamente relacionados con la Reserva.
En el Plan Director se propone su ampliación tomando como criterio básico el concepto de cuenca. De esta manera, la Reserva de Biosfera Bañados del Este comprendería la cuenca de la laguna Merín y parte de la vertiente atlántica. El área considerada en el documento se extiende desde la divisoria de aguas de la cuchilla Grande y abarca los departamentos de Rocha y Treinta y Tres, y parte de los de Cerro Largo, Lavalleja y Maldonado. En total, un área extensa y heterogénea de 3.850.000 hectáreas, que comprende las cadenas de sierras que atraviesan los cinco departamentos, donde nacen las aguas de bañados y lagunas, los cuales conforman el corazón de los humedales, junto a la franja costera atlántica y a la imponente reserva de agua dulce de la laguna Merín.
Finalmente en el año 2004, la UNESCO y el Comité MaB Nacional realizaron un llamado a consultoría para elaborar los documentos de revisión y estrategia para la gestión de la Reserva de Biosfera Bañados del Este. En coordinación con los organismos convocantes y con el aval del Ministerio de Vivienda, Ordenamiento Territorial y Medio Ambiente, se concluyó en la nueva delimitación de la Reserva, con una superficie de 1.250.000 hectáreas. En la misma se han considerado los ecosistemas representativos de la región englobando las áreas protegidas del decreto 527/92 y sitio Ramsar y ajustada a elementos visibles a el terreno sean naturales o artificiales. Actualmente esa es la delimitación oficial de la Reserva de Biosfera Bañados del Este.